Las principales enfermedades de la raíz y el cuello de la planta son producidas por Rhizoctonia solani, Phytophthora fragarie y Verticilium alboatrum. Su ataque, a veces puede confundirse con el de jobotos ya que el síntoma inicial es una marchites en horas de mucho sol.

Rhizoctonia solani provoca un colapso total de la planta durante la época de cosecha. Las hojas bajas toman un color púrpura y los pecíolos se tornar color café, el cuello de la planta muere y se producen brotes laterales, las raíces se pudren y toman un color café.

La pudrición causada por Phytophthora fragaria conocida como estela roja, produce enanismo de la planta en los casos severos. En las hojas jóvenes aparece una coloración verde azulada y en las hojas viejas roja, naranja o amarilla. En el ápice de las raíces jóvenes aparece una pudrición que avanza hasta alcanzar las raíces laterales y al cortar la raíz se observa la estela de color rojo.

En el caso de la pudrición por Berticillium alboatrum las hojas externas de la planta muestran una coloración café oscuro en los márgenes y en el área intervenal. Las hojas internas conservan su turgencia y color verde, aunque la planta esté muerta, lo cual la diferencia del ataque de Phytophthora sp. En que mueren tanto las hojas jóvenes como las viejas.

Para distinguir con certeza, por medio de los síntomas, el agente causal de una pudrición radical, basta con cortar longitudinalmente las raíces y el cuello de la planta. Si la pudrición se manifiesta en los tejidos externos de las raíces y el cuello, el organismo causal es Rhizoctonia sp., si es en los tejidos internos de la raíz y el cuello (en este caso los tejidos externos permanecen sanos), es producida por Verticillium sp. y si el daño sólo se presenta en las raíces sin ascender al cuello, se trata de un daño por Phytophthora sp.

Cuando estas enfermedades aparece en plantas en estados avanzados de desarrollo o viejas, es muy difícil combatirlas; algunas veces, podando las plantas, fertilizándolas y aplicando fungicidas a la base se recuperan momentáneamente. Afortunadamente el daño casi siempre aparece en plantas viejas, a no ser que se siembre material infectado. El método más eficiente de combate es la desinfección total del suelo y de las mismas plantas antes de la siembra. El suelo se puede desinfectar con Basamid, Bromuro de Metilo, o Telone. Si no se hace en forma total, es conveniente que por lo menos el hueco de siembra se ha desinfectado con una mezcla de PCNB y Fermate, en la dosis recomendada en la etiqueta, aplicado con bomba manual. Así mismo, las plantas antes de la siembra, deben sumergirse en una solución de fungicida benomil o clorotalonil.